Das sagt http://www.mvnbrowser.com/most-referenced.html. Die Liste ist interessant zu lesen. Vielleicht nicht ganz unerwartet ist ganz oben JUnit und log4j — das wird von nahezu allen Programmen referenziert. Interessant in der Liste finde ich,

• das HSQLDB doch noch so oft (für Tests) gebraucht wird, aber Derby noch auf die erste Seite kommt,
• Spring (schon) so weit oben seht,
• CXF vor Axis und dem alten XFire steht,
• JAXB so groß im Einsatz ist,
• Plexus von CodeHaus in der Liste auf der ersten Seite steht (unter anderem von Maven2 genutztes IoC-Framwork und daher wohl so weit vorne),
• dom4j populärer als JDOM ist,
• Struts ist (ein wenig) wichtiger als WebWork aber weit abgeschlagen von JSF.

Eher unbekannte Projekte sind:

• http://classworlds.codehaus.org/
• http://qdox.codehaus.org/
• http://www.janino.net/